香港六合彩官网走势图 易基因： Nature子刊：RRBS等揭示IDH1

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顺铂（cisplatin）是一种庸俗使用的化疗药物，但其使用常伴跟着包括肾毒性在内的多种反作用。急性肾挫伤 （Acute kidney injury，AKI）是与顺铂颐养联系的最常见不良反应之一,约30%患者因顺铂的肾毒性而中断颐养。异柠檬酸脱氢酶（isocitrate dehydrogenase，IDH）的亚型IDH1在保管细胞氧化现象的氧化规复均衡中起着遑急作用，IDH1-R132H突变与多种肿瘤的发生发展联系，但顺铂是否会在佩带IDH1-R132H突变的个体中引起更严重的肾毒性尚不明晰。深入探究顺铂带领的肾毒性机制，并磋议IDH1-R132H突变是否通过影响线粒体氧化应激加重顺铂带领的肾小管上皮细胞挫伤，从而促进顺铂带领的急性肾挫伤（Cis-AKI）发期许制至关遑急。

近日，福建医科大学附属第一病院肾内科赖坤好意思博士等为第一作家，福建医科大学附属第一病院肾内科许艳芳教学和中国香港科学园肿瘤学及免疫学中心Tak W. Mak为共同通信，在Nature子刊《Cell Death & Differentiation》(中科院1区top)发表了题为“The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction”的合营磋议效果，磋议通过RRBS等分析揭示了IDH1-R132H突变通过抵制NDUFA1和FSP1相互作用促进铁逝世，从而加重顺铂带领的急性肾挫伤，贯注探讨了IDH1-R132H突变在顺铂化疗中对肾脏毒性的影响，并揭示了其潜在的分子机制。深圳易基因科技为本磋议提供DNA甲基化RRBS和对应的转录组RNA-seq时刻办事。

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标题：The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction（IDH1-R132H 突变通过抵制 NDUFA1 和 FSP1 互作促进铁逝世，从而加重顺铂带领的急性肾挫伤）

发表时刻：2024年9月22日

发表期刊：Cell Death & Differentiation

影响因子：IF 13.7/1区

时刻平台：RRBS、RNA-seq（易基因金牌时刻）

本磋议落幕揭示IDH1-R132H突变加重了肾小管中线粒体脂质过氧化和功能隔绝，使肾脏更容易受到顺铂带领的铁逝世影响。IDH1-R132H突变加多Ndufa1开动子甲基化，从而遏制NDUFA1的转录和翻译。这种遏制抵制了NDUFA1与FSP1的相互作用，裁减了其对顺铂带领的肾小管上皮细胞逝世的违反力。进而导致活性氧（ROS）聚积、脂质过氧化发生，促进铁逝世，从而激发急性肾挫伤。总之，这项磋议解释了顺铂带领的肾毒性新机制，并为佩带IDH1-R132H突变的肿瘤患者个性化颐养政策发展提供了珍惜见地。

磋议步调

动物模子确立：使用特异性突变的IDH1在肾小管中（Idh1WT/WTKspCre）的小鼠模子，与Idh1WT/WTKspCre组进行比较，通过腹腔打针顺铂确立Cis-AKI模子。细胞活性和细胞逝世评估：评估顺铂处理后肾小管上皮细胞（PTCs）的活性和逝世。氧化应激和线粒体ROS的测量：使用DCFH-DA和MitoSOX等荧光探针检测细胞内ROS和线粒体ROS。脂质过氧化、线粒体形态和线粒体膜电位（MMP）检测：评估顺铂处理后肾脏组织的脂质过氧化水祥和线粒体功能。免疫共千里淀和邻位衔接（PLA）试验：分析NDUFA1和FSP1之间的径直相互作用。CRISPR-Cas9时刻：敲除Ndufa1和Fsp1基因以磋议其在顺铂带领的细胞逝世中的作用。简化基因组甲基化测序（RRBS）和转录组测序（RNA-seq）：用于分析IDH1-R132H突变对肾脏DNA甲基化模式和基因抒发的影响。

落幕图形

（1）肾小管中的IDH1-R132H突变加重了顺铂带领的肾功能隔绝

图1：IDH1-R132H突变加重了顺铂带领的小鼠肾功能不全。

A-B. 检测顺铂给药后0小时、24小时、48小时和72小时的血尿素氮（BUN）（A）和血清肌酐（Scr）水平（B）。落幕显现Idh1WT/MutKspCre小鼠的Scr和BUN水平高于Idh1WT/WTKspCre组。

C-F. 在腹腔打针10 mg/kg顺铂前1天和2小时势先使用铁逝世遏制剂Lip-1进行预处理。不雅察0小时、24小时、48小时和72小时BUN和肌酐水平的变化。

G-H. 腹腔打针10 mg/kg顺铂3天后的PAS染色肾脏切片代表性图像，H对G肾脏挫伤落幕定量分析。

（2）IDH1-R132H 突变加重顺铂带领的氧化应激和近端肾小管上皮细胞铁逝世

图2：IDH1-R132H突变加重顺铂带领的氧化应激和肾小管上皮细胞铁逝世。

A-B. 对肾脏中TUNEL的定量分析和代表性染色图像。Idh1WT/MutKspCre组中TUNEL阳性的肾小管上皮细胞（proximal tubular epithelial cells，PTCs）数目高于Idh1WT/WTKspCre组。

C-D. 对腹腔打针10 mg/kg顺铂3天的肾脏进行4HNE（红色）和DAPI（蓝色）的免疫荧光染色，随后对4HNE阳性细胞进行定量分析。

E. 在腹腔打针10 mg/kg顺铂3天后对肾脏中丙二醛（MDA）含量进行定量分析。

F. 从肾脏中提真金不怕火簇新的近曲小管进行western blot分析，重心柔柔铁逝世和抗氧化信号分子抒发。

（3）IDH1-R132H 突变通过促进线粒体功能隔绝带领铁逝世

图3：IDH1-R132H突变通过促进线粒体功能隔绝来带领铁逝世。

A. 肾小管上皮细胞（TECs，细胞系）被感染带有Flag-IDH1-WT和Flag-IDH1-R132H编码的慢病毒36小时，随后用25μm顺铂刺激24小时。感染后36小时进行western blot检测IDH1抒发。

B-C. 将（A）中的TECs接种在12孔培养板中。接种后第10天进行集落计数分析。使用CCK-8试验（C）测量细胞增殖。

D–I. 从Idh1WT/WTKspCre组和Idh1WT/MutKspCre小鼠平分离出PTCs进行分析。（D）代表性的PI染色图像显现顺铂带领的PTCs细胞逝世。（E）使用PI/Hoechst染色和Image J软件量化细胞逝世。（F）在顺铂处理24小时后， Mitotracker和MitoSOX探针对细胞染色。（G）使用DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测顺铂带领的Idh1WT/WT和Idh1WT/Mut PTCs的ROS产生香港六合彩官网走势图，随后进行流式细胞分析。（H）使用JC-10染色步调测量顺铂处理后Idh1WT/WT和Idh1WT/Mut细胞的线粒体膜电位（MMP）。落幕标明IDH1-R132H突变加重了顺铂带领的PTCs MMP的裁减。（I）定量分析红色鸠合体与绿色单体比例。

（4）IDH1-R132H突变通过上调Ndufa1开动子甲基化水平遏制Ndufa1抒发

IDH1-R132H突变主要通过转换表不雅遗传调控机制来影响细胞功能。作家假定肾小管中的IDH1-R132H突变可能会转换与线粒体联系基因的甲基化模式，从而加重顺铂带领的肾脏挫伤。RRBS测序分析落幕揭示在Idh1WT/MutKspCre小鼠肾脏的外显子区域有15296个上调解7947个下调的各异甲基化基因，而在开动子区域不雅察到12935个上调解4409个下调的各异甲基化基因（以Idh1WT/WTKspCre小鼠当作对照组）（附图）。基因富集分析标明开动子区域与组卵白乙酰化、细胞代谢和氧化磷酸化联系的信号被激活（图4A）。在上调的甲基化位点中，与线粒体呼吸链拼装联系基因Ndufa1的开动子区域不雅察到权臣增强的甲基化。进一步的亚硫酸盐测序PCR（BSP）落幕与RRBS测序一致。Ndufa1开动子各异甲基化区域位于chrX:37191032-37191910区域，包含74个CpG位点。在体外试验中，Idh1WT/WT组中Ndufa1区域的CpG位点约有47.4%被甲基化，而在Idh1WT/Mut组中，约有82.4%的CpG位点被甲基化（图4B）。在Idh1WT/WTKspCre小鼠的肾脏组织中，Ndufa1区域约有54%的CpG位点甲基化，而在Idh1WT/MutKspCre组中，约有80%的CpG位点甲基化。肾脏组织和体外PTCs的QT-PCR和western blot分析标明NDUFA1的抒发水平裁减（图4C、D）。为了测试CpG甲基化是否在Ndufa1基因转录遏制中起径直作用，作家进行了MSssI的补丁甲基化试验，并蚁合荧光素酶活性检测。分析落幕标明CpG甲基化遏制了Ndufa1基因开动子活性，并在千里默Ndufa1中起径直作用。CpG位点甲基化由IDH1-R132H调控。这些落幕强调了由于IDH1-R132H突变引起的甲基化水平上调，导致Ndufa1的转录和翻译遏制。

附图：RBBS质控。

A. RBBS测序的六个样本甲基化水瓜分散特征，不相同本中CG、CHG和CHH甲基化位点一致分散。

B-C. Idh1WT/WT和Idh1WT/Mut组在CpG岛和DNA开动子区域的CG、CHG和CHH的甲基化率。mCG、mCHG和mCHH别离代表CG、CHG和CHH的甲基化体式。

D-E. 基因元件和染色体上各异甲基化位点分散。

F-G. 基因元件甲基化水瓜分散。

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CGI：CpG岛。downshelf：CpG岛上游2-4kb。downshore：CpG岛上游2kb。upshelf：CpG岛上游2-4kb。upshore：CpG岛上游2kb。up2k：基因转录肇始位点上游2kb。genebody：基因体区域。down2k：基因卑劣2Kb。

图4：IDH1-R132H突变权臣增强了Ndufa1开动子的甲基化修饰水平。

A. RRBS测序对各异上调开动子区域基因进行GO富集分析，展示最权臣GO富集的生物学经过。

B. BSP考证。每个圆圈代表一个CpG位点，●深化甲基化位点，○深化未甲基化位点。

C-D. 在从Idh1WT/WTKspCre组和Idh1WT/MutKspCre小鼠分离的PTCs中，通过RT-PCR定量和WB分析NDUFA1相对于β-actin的抒发。n=6，****P<0.0001。

E. 使用MSssI处理和荧光素酶活性组合来细目CpG甲基化是否径直促进Ndufa1基因转录遏制。与对照细胞（未用MSssI处理的片断）比拟，含有Ndufa1开动子答复基因构建的293T细胞经MssI处理后荧光素酶活性权臣下调，

F. 当IDH-R132H过抒发质粒或对照与pGL4-Ndufa1和Renilla荧光素酶载体共转染入293T细胞时，与Idh1WT/WT组比拟，Idh1WT/Mut组荧光素酶活性裁减。

（5）NDUFA1参与IDH1-R132H突变型肾小管上皮细胞中顺铂带领的线粒体功能隔绝和氧化应激

图5：NDUFA1在IDH1-R132H突变的肾小管上皮细胞中参与顺铂带领的线粒体功能隔绝和氧化应激。 A. 代表性PI染色图像描写Idh1WT/WTKspCre和Idh1WT/MutKspCre小鼠平分离顺铂带领的PTCs细胞逝世。

B. 使用PI/Hoechst染色和Image J软件量化细胞逝世。

C. 通过Mito-tracker染色不雅察顺铂刺激后的线粒体形态，显现NDUFA1过抒发缩小了顺铂带领的IDH1-R132H突变肾小管上皮细胞的线粒体功能隔绝。

D. 使用MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针别离检测感染空载体（vector）或Flag-NDUFA1慢病毒的Idh1WT/WT和Idh1WT/Mut PTCs的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平，并通过FACS进行分析。

E. 代表性PI染色图像显现Ndufa1和Ndufa1+/+-/- HK-2细胞受顺铂带领逝世。

F. PI/Hoechst染色和Image J软件量化细胞逝世。

G. 通过Mito-tracker染色不雅察顺铂刺激后的线粒体形态，显现Ndufa1缺失加重顺铂带领的肾小管上皮细胞的线粒体功能隔绝。

H. MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测Ndufa1和Ndufa1+/+-/-肾小管细胞的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平，显现Ndufa1缺失加重了顺铂带领的肾小管挫伤。

（6）NDUFA1 通过与 FSP1 相互作用遏制线粒体氧化应激

图6：NDUFA1通过抨击FSP1来调控顺铂带领的肾小管上皮细胞挫伤。

A. 免疫共千里淀考证NDUFA1和FSP1之间的径直互作。HEK293T细胞被共转染带有Flag-FSP1和HA-NDUFA1的质粒，随后使用抗Flag M2磁珠进行免疫共千里淀以拉下Flag-FSP1。落幕标明NDUFA1和FSP1之间存在径直互作。

B. 附进衔接分析（PLA）检测了顺铂处理24小时后肾小管上皮细胞中FSP1和NDUFA1之间的物理相互作用。红色点深化PLA阳性信号。细胞核用Hoechst染色进行反向染色。

C. 使用共聚焦激光扫描显微镜不雅察顺铂处理24小时后肾小管上皮细胞中FSP1和NDUFA1的共定位。

D. 从Idh1WT/WTKspCre和Idh1WT/MutKspCre小鼠平分离出PTCs，PTCs感染空载体或Flag-Fsp1慢病毒后，加入25 μm顺铂。代表性PI染色图像显现顺铂带领PTC逝世。

E. 使用PI/Hoechst染色和Image J软件量化细胞逝世。

F. Mitotracker和MitoSOX探针染色PTCs。

G. 在PTCs中使用MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测ROS产生和脂质ROS水平。

图7：Fsp1缺失增强了顺铂带领的铁逝世和氧化应激在肾小管上皮细胞中的作用。

A. 代表性PI染色图像显现Fsp1和Fsp1+/+-/-小鼠肾小管上皮细胞（TEC）被顺铂带领的逝世。

B. PI/Hoechst染色和Image J软件量化细胞逝世。

C. 通过Mito-tracker染色不雅察顺铂刺激后的线粒体形态，显现Fsp1缺失加重了顺铂带领的肾小管上皮细胞线粒体功能隔绝

D. 在Fsp1和Fsp1+/+-/-细胞中使用MitoSox、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测ROS产生和脂质ROS水平，显现Fsp1缺失加重了顺铂带领的肾小管挫伤。

E. IDH1-R132H加重顺铂带领的急性肾挫伤（Cis-AKI）机制暗示图。

易小结

本磋议落幕标明IDH1-R132H突变通过加多Ndufa1开动子甲基化，遏制NDUFA1转录和抒发，抵制NDUFA1与FSP1互作，从而影响FSP1在线粒体中的定位偏激将CoQ规复为CoQH2的才智，导致ROS和脂质过氧化物聚积，进而加重顺铂带领的氧化挫伤和铁逝世在肾小管上皮细胞中的发生。

磋议亮点

揭示铁逝世和氧化应激的关联：磋议强调了铁逝世在顺铂带领的肾脏挫伤中的作用，并揭示了NDUFA1-FSP1轴在抨击氧化应激中的遑急性。提醒新分子机制：本磋议揭示了IDH1-R132H突变通过表不雅遗传机制影响线粒体功能，进而影响肾脏对顺铂的反应。提供个性化颐养政策：磋议落幕为佩带IDH1-R132H突变的肿瘤患者提供了个性化颐养政策的珍惜见地。

对于易基因简化基因组甲基化测序（RRBS）磋议惩处决议

简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是讹诈轨则性内切酶对基因组进行酶切，富集开动子及CpG岛等遑急的表不雅调控区域并进行重亚硫酸盐测序。该时刻权臣提升了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、开动子区域和增强子元件区域不错得到高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化磋议步调，在大畛域临床样本的磋议中具有庸俗的应用出路。

为允洽科研时刻的需要，易基因进一步设备了可在更大区域内拿获CpG位点的双酶切RRBS(dRRBS)，可磋议更庸俗区域的甲基化，包括CGI shore等区域。

为助力适用低肇始量DNA样本（5ng）量多维度甲基化分析，易基因设备了富集遮蔽CpG岛、开动子、增强子、CTCF蚁合位点的甲基化靶向基因组测序步调：extended-representation bisulfite sequencing（XRBS），结束了高机灵度和微量样本复用检测，使其具有高度可扩张性，并适用于有限的样本和单个细胞基因组CG位点遮蔽高达15M以上。

时刻上风：

肇始量：100ng gDNA；单碱基分辨率；万般本的遮蔽区域重叠性可达到85%-95%、测序区域针对高CpG调控区域，数据讹诈率更高；针对性强，资本较低；基因组CG位点遮蔽高达10-15M，权臣优于850K芯片。

应用标的：

RRBS/dRRBS/XRBS庸俗应用于动物，条款全基因组扫描（遮蔽要津调控位点）的：

部队磋议、疾病分子分型、临床样本的甲基化 Biomarker 筛选复杂疾病及肿瘤发病机制等甲基化磋议模式动物发育和疾病甲基化磋议

时刻参数RRBSDRRBScfDNA-RBSMicro-RBSsc-RBS旨趣MspI酶切+衔接接头多酶切+衔接接头CCGG附进片断衔接接头CCGG附进片断衔接接头CCGG附进片断衔接接头样本条款1μg1μg1ng1ng单细胞/1-10个细胞测序数据量10G15G20G20G2G5XCG位点遮蔽6M8M6M10M4-8M

易基因提供全面的表不雅基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化、cfDNA）和表不雅转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C、RNA与卵白互作）、DNA与卵白互作及染色质盛开性时刻决议（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。

参考文件：

Lai K香港六合彩官网走势图, Chen Z, Lin S, Ye K, Yuan Y, Li G, Song Y, Ma H, Mak TW, Xu Y. The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction. Cell Death Differ. 2024 Sep 22. pii: 10.1038/s41418-024-01381-8. doi: 10.1038/s41418-024-01381-8. PubMed PMID: 39306640.

发布于：广东省

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